در زمان امیرکبیر وزارت مالیه تشکیل شد و زیر نظر او برای بهبود وضع اقتصادی ایران گام‌های سودمندی برداشته و برای وصول، نگهداری و مصرف ثروت در خزانه مقررات جدیدی وضع گردید. قبل از مشروطیت و نبود مجلس، شاه وقت تمام درآمدها و عواید ایران را در اختیار داشت و تمام مخارج نیز به فرمان و تصویب شخص او صورت می‌گرفت. معمولاً شاه شخصی به نام «وزیر مالیه» را مأمور می‌ساخت تا بودجه ایران را تنظیم کند. وزیر مالیه معمولاً لقب مستوفی‌الممالک داشت. وزارت مالیه دارای بخشی داخلی به عنوان وزارت دفتر استیفا بود که متشکل از وزیر و مستوفیان ایالاتی بوده‌است. این مستوفیان عده‌ای کارمند داشتند که آنان را میرزا قلم‌دان می‌گفتند. همچنین جمع‌آوری طلب و محاسبه بدهی همه استان‌ها بر عهده وزیر بقایا بوده و وزیر خزانه نیز کار بانک مرکزی فعلی را بر عهده داشت. با پیروزی انقلاب مشروطه در سال ۱۲۸۵ اولین کابینه قانونی تشکیل و ناصرالملک به عنوان نخستین وزیر مالیه از مجلس شورای ملی رأی اعتماد گرفت. ایشان با همان روال سابق کار را ادامه داد و به دستور وی محل کنونی رادیو تهران که محل اداره گمرک بود، به وزارت مالیه اختصاص یافت. در سال ۱۲۸۹ ادارات هفتگانه وزارت مالیه تصویب و تشکیل گردید. در سال ۱۲۹۴ وزارت مالیه به ۹ اداره تقسیم گردید که مهم‌ترین ادارات در آن زمان عبارت بود از خزانه داری کل، گمرک، وصول عایدات، محاکمات مالیه، کمیسیون تطبیق حواله‌جات، پرسنل و ملزومات و مجلس مشاور عالی برای محاکمات اداری. پس از مدتی محل وزارت مالیه به پارک اتابک، محل کنونی سفارت روسیه در تهران انتقال یافت. با آغاز سلطنت رضا شاه از سال‌های ۱۳۰۰ به بعد و با توجه به ورود مستشاران و مشاوران اقتصادی آمریکایی همچون مورگان شوستر و آرتور میلسپو دگرگونی‌های زیادی در مدیریت امور مالیاتی ایران رخ داد، از جمله اینکه سازمان به دو قسمت مالی و اقتصادی تقسیم و به وسیلهٔ دو معاون و هفت مدیر اداره می‌گردید. آرتور میلسپو معتقد بود تا ایرانیان به مالیات دادن عادت نکنند و بوروکراسی پیچیده ایران؛ از رشوه، پارتی بازی و توصیه (اعمال نفوذ) تا تنبلی کارمندان، بی اعتنایی نسبت به مراجعین، بی دقتی و امروز و فردا کردن از میان نرود و نظام استخدام دولتی دگرگون نشود مسائل ایران حل نخواهد شد و برای حل این معضل که از زمان حکومت مغولان ریشه گرفته نیاز به یک انقلاب اداری است و این انقلاب توجه به ساماندهی مالیات در ایران است. وزارت مالیه از سال ۱۳۱۹ خورشیدی به وزارت دارایی تغییر نام یافت. در سال ۱۳۲۹ وزارت دارایی با تقلیل ادارات مورد تصویب قرار گرفته و ساختمان جدید آن (در محل خیابان داور) که احداثش از سال ۱۳۱۸ آغاز شده بود در سال ۱۳۳۸ به بهره‌برداری رسید. در سال ۱۳۵۳ قانون تشکیل وزارت امور اقتصادی و دارایی با ۶ ماده به تصویب مجلس شورای ملی رسید.

در راستای اجرای مادهٔ ۵۹ قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران، به منظور افزایش کارایی نظام مالیاتی و رفع موانع سازمانی موجود و همچنین تمرکز کلیه امور مربوط به اخذ مالیات در یک سازمان واحد، در ۴ شهریور ۱۳۸۰، تشکیلات سازمان امور مالیاتی کشور و آیین‌نامه اجرایی بند (الف) مادهٔ ۵۹ قانون برنامه سوم توسعه به تصویب هیئت وزیران رسید و بدین ترتیب سازمان امور مالیاتی ایران به صورت یک سازمان دولتی و زیر نظر وزارت امور اقتصادی و دارایی ایجاد گردید. با ایجاد این سازمان کلیه اختیارات، وظایف، نیروی انسانی، امکانات و تجهیزات موجود وزارت امور اقتصادی و دارایی در معاونت امور مالیاتی و بخش و حوزه‌های مالیاتی به این سازمان منتقل گردید. نمودار تشکیلاتی این سازمان در بخش ستاد سازمان در اوایل سال ۱۳۸۱ و تشکیلات ادارات کل امور مالیاتی استان‌ها به تأیید سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی رسید. همزمان، قانون مالیات‌های مستقیم نیز اصلاح شد.

الف – تصدی کلیه امور راجع به اجرای مقررات انواع مالیات‌های مستقیم و غیرمستقیم و سایر مالیات‌ها و تمام مراحل مربوط اعم از شناسایی مودیان، تشکیل پرونده و تنظیم شناسنامه‌های مالیاتی، تشخیص و مطالبه مالیات و حل اختلاف مالیاتی و وصول مالیات به طرق معمول یا از طریق عملیات اجرایی و سایر موارد مربوط به مالیات‌ها در چارچوب قوانین مالیاتی و سایر قوانین جاری ایران.

ب – مطالعه، بررسی و شناخت موانع نظام مالیاتی و برنامه‌ریزی جهت رفع آنها.

پ – اظهارنظر و ارائه پیشنهادهای لازم در زمینه کلیه امور راجع به اجرای مقررات انواع مالیات‌های مستقیم و غیرمستقیم و سایر مالیات‌ها.

ت – اظهار نظر و ارائه پیشنهادهای لازم در زمینه تدوین سیاست‌ها و خط مشی‌های مالیاتی در اجرای وظایف قانونی مربوط.

ج – تنظیم سیاست‌های اجرایی برای اخذ مالیات در ایران و نظارت بر حسن اجرای برنامه‌های مصوب.

چ- اتخاذ تدابیر لازم در خصوص چگونگی اجرای قوانین و مقررات مالیاتی از طریق تهیه و تنظیم آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های لازم و طراحی نظام‌ها و روش‌های اجرایی برای تشخیص و وصول مالیات.

ح – اجرای دقیق و کامل و ارائه پیشنهادهای اصلاحی مورد نیاز در خصوص قوانین و مقررات مالیاتی ایران و نظارت برحسن اجرای آنها.

خ – طراحی، تدوین و اجرای پروژه‌های پژوهشی و اجرایی جهت بهبود وضع نظام مالیاتی ایران در زمینه‌هایی از قبیل اصلاح ساختار مالیاتی، ثبت نام و راهنمایی مودیان، گسترش خوداظهاری، انجام ممیزی‌های مؤثر، حسابداری مالیاتی، وصول و اجرا برای تسریع و تدقیق عملیات مالیاتی.

د- مطالعه، بررسی و پژوهش مداوم در زمینه قوانین و مقررات مالیاتی و ارائه پیشنهاد یا انجام اقدامات لازم برای اصلاح و تکمیل آن‌ها از طریق مراجع قانونی ذی‌ربط.

ذ – مطالعه تطبیقی، بررسی و پژوهش مستمر در نظام‌های پیشرو مالیاتی کشورهای منتخب برای بهبود سیستم مالیاتی ایران.

ر- مطالعه و بررسی به منظور یافتن راه‌کارهای مناسب شناسایی منابع مالیاتی و افزایش و توسعه ظرفیت‌های مالیاتی ایران و پیشنهاد آن به وزیر امور اقتصادی و دارایی.

ز – گردآوری و پردازش اطلاعات و به‌کارگیری شماره‌های اقتصادی و ملی و کدپستی برای شناسایی واحدها و منابع مالیاتی و مشمولان قوانین و مقررات مالیاتی به منظور دستیابی به اهداف پیش‌بینی شده در قانون و اجرای عدالت مالیاتی.

ژ- انجام مطالعات، بررسی، بهسازی و اصلاح ساختار تشکیلاتی و نیروی انسانی شاغل در امور مالیاتی برای اجرای وظایف محول‌شده و تأمین نیروی انسانی مورد نیاز.

س – طراحی، برنامه‌ریزی و اجرای برنامه‌های آموزشی لازم برای ارتقای کیفیت نیروی انسانی سازمان براساس نیازهای تعیین‌شده.

ش – طراحی، اجرا و بهسازی نظام جامع مالیاتی ایران و ایجاد شبکه اطلاعاتی فراگیر مکانیزه و استفاده از روش‌های نوین و ابزارهای پیشرفته برای تحقق درآمدهای مالیاتی.

ص – برنامه‌ریزی و تهیه طرح‌های لازم برای افزایش بهره‌وری و کیفیت فعالیت‌های مالیاتی و کاهش هرچه بیشتر هزینه‌های مودیان در پرداخت مالیات.

ض – انجام مطالعات و بررسی‌های لازم و ارزشیابی مداوم عملکرد واحدهای مالیاتی و نیروی انسانی مربوط و هدایت و ارشاد آنها.

ط – آموزش و ارائه انواع خدمات به مودیان مالیاتی برای آشنایی آنان با تکالیف مربوط، انجام وظایف قانونی و پرداخت مالیات.

ظ – نظارت و بازرسی در جهات اخلاقی، اعمال و رفتار مأموران مالیاتی، کشف تخلفات و تقصیرات اداری آنان، تعقیب متخلفان و حصول اطمینان از عدالت مالیاتی، سلامت و شفافیت در انجام این امور با رعایت قوانین و مقررات مربوط.

ع – اظهار نظر در خصوص پیش‌نویس طرح‌ها، لوایح و تصویب‌نامه‌های طرح شده مربوط به امور مالیاتی برای وزیر امور اقتصادی و دارایی و سایر مراجع قانونی ذی‌ربط.

غ – مطالعه و بررسی در جهت یافتن روش‌های مناسب هدایت و سیاست‌گذاری در امور دعاوی حقوقی، قضایی و کیفری مربوط به امور مالیاتی.

ف – انجام مطالعات اقتصادی مرتبط با مالیات و ارائه گزارش‌های تحلیلی و آماری مربوط به درآمدهای مالیاتی برای وزیر امور اقتصادی و دارایی و سایر مراجع قانونی ذی‌ربط و همچنین استفاده از تحلیل‌های انجام شده در جهت بهبود وضع نظام مالیاتی در ایران.

ق – همکاری با موسسات داخلی و بین‌المللی در جهت تحقق مأموریت‌ها در چارچوب مقررات موضوعه.

ک- برنامه‌ریزی به منظور برقراری روابط مطلوب و مناسب بین عوامل وصول مالیات و مودیان و تعیین موازین خاص اخلاقی و رفتاری برای مأموران مالیاتی.

گ- تهیه آیین‌نامه‌های مورد نیاز پیش‌بینی شده در قوانین و مقررات موضوعه برای تصویب در مراجع ذی‌صلاح.

ل – برآورد درآمدهای مالیاتی مربوط به هر سال و ارائه آن به وزیر امور اقتصادی و دارایی برای درج در لایحه بودجه.

م – انجام سایر اقدامات ضروری و مورد نیاز برای تحقق اهداف سازمان.

ی- برنامه‌ریزی و تدوین دستورالعمل‌ها در زمینه قانون مبارزه با پولشویی و اصلاح آن‌ها و همکاری با شورای عالی مبارزه با پولشویی